Det er vanskeligt at udtale sig om forekomsten af paratuberkulose, og der er tilsyneladende stor geografisk spredning i antallet af smittede besætninger. Store forskelle fra land til land kan skyldes de anvendte metoder til undersøgelse af forekomsten. I mange lande findes ikke et program rettet mod paratuberkulose.

I Danmark er forekomsten høj på besætningsniveau. Således er op til 80 – 85 % af besætningerne smittede i nogle geografiske områder. På dyreniveau er forekomsten meget svingende, således at 0 – 25 % af dyrene kan forventes at være smittede.

Blandt besætninger i Operation paratuberkulose fordeler forekomsten af smittede køer, indenfor besætninger, sig som vist på figuren herunder (pr. september 2010).

Figuren viser, at forekomsten af smittede køer (køer i infektionsgruppe 2 og 9), indenfor besætninger, svinger mellem 0 og 24,7 %. 50 % af besætningerne har en forekomst under 3,8 % af alle køer med en påvist infektion.

Herhjemme er der tidligere lavet flere større undersøgelser af forekomsten af paratuberkulose, inden Operation Paratuberkulose blev startet i 2006.

Tabellen herunder opsummerer tre undersøgelser udført i årene 1998, 1999 og 1999-2002. I alle undersøgelser har man undersøgt, hvorvidt der forekommer antistoffer mod paratuberkulose enten i tankmælken eller i de enkelte køers mælk (sidstnævnte kun udført i Kongeåregionen). Tankmælksundersøgelserne er forbundet med større usikkerhed end enkeltko-undersøgelserne, som derfor er mere retvisende. Der har endvidere været anvendt forskellige testmetoder. F.eks. var den tankmælkstest, som blev anvendt i 1999, bedre end den, der blev anvendt i 1998.

Undersøgelserne fra Kongeåprojektet bekræfter i det store og hele tankmælksundersøgelserne fra 1999. Men samtidig viser tallene, at variationen er stor blandt køer og besætninger. Omkring 80-90 procent af besætningerne i de kvægtætte områder er smittet med paratuberkulose, og i gennemsnit er cirka 16 procent af køerne smittede. Det skal nævnes, at tilstedeværelse af antistoffer indikerer, at der findes inficerede dyr i en besætning. Men disse dyr vil ikke nødvendigvis udvikle klinisk paratuberkulose, og besætningerne kan have været uden synlige problemer i årevis.