Der er flere udfordringer, der skal løses, for at der kan dyrkes paludikultur på vandlidende lavbundsjorde.
Dyrkningen falder meget nemt mellem regelsæt for dyrkningsfladen, vandstand, vandafledning og natur.
Paludikultur ligger på en måde mellem produktion og natur.
Det er svært at vide hvad økonomien vil være i dyrkningen. Og etablering og styring af vandstanden samt høstmaterialet kan være svære at styre.
Derudover kan den realkreditmæssige værdi af lavbundsjorden falde, hvis engjord vådlægges.
Derfor skal man sandsynligvis indhente panthaveraccept, hvis større arealer skal vådlægges.
Muligvis kan man dyrker rørgræs på området, og da det indgår i EU-forordningen, kan der modtages grundbetaling, når man dyrker det.
Tagrør og dunhammere indgår ikke i EU-forordningen, så der gives derfor ikke grundbetaling til dyrkningen. Det er derfor vanskeligt at få god økonomi i dyrkningen.
Ved dyrkning af paludikultur vil arealerne efter 5 år blive betragtet som permanente.
Hvis andelen af permanent græs falder under 95 % af Danmarks landekvote, kan EU kræve, at der skal indføres et forbud mod omlægning af permanent græs til andre afgrøder end græs.
Det må formodes, at en paludikultur vil blive omfattet af ordningen, da det er græsser, der dyrkes.
Viden om gødskning af paludikultur er begrænset, og derfor ved man ikke hvilke miljøeffekter, det kan have.
Mere eller mindre systemer kan derfor være nødvendige.
Høstmateriel til høst af biomasse findes i dag i Holland. Der arbejdes på at bringe høstteknologien til private entreprenører i Danmark.