For racer, som også findes i udlandet, kan man eventuelt hente avlsmateriale herfra, men for de nationale racer Frederiksborghestene, Jyske heste og Knabstruppere, er det ikke umiddelbart muligt.
Inden for hesteavl taler man om forskellige indavlsbegreber. Indavl og linieavl.
Indavl
Indenfor avlsarbejde taler man om begrebet indavl, når avlen sker mellem beslægtede individer. Er populationen lille eller avlet igennem lang tid, er det uundgåeligt at avlsdyrene er mere eller mindre i familie med hinanden.
Derfor definerer man ofte indavl som avl med individer, hvis slægtskab er større end det gennemsnitlige slægtskab mellem individer i populationen. Indavlsgraden for det enkelte dyr er sandsynligheden for at det bærer allele gener, der er identiske på grund af afstamningen.
Linieavl
Linieavl er avl i lukkede linier indenfor racen, og der indføres altså ikke nye avlsdyr til linien. Linieavl bruges, når man ønsker at skabe en vis ensartethed eller bevare særlige egenskaber fra en bestemt ane, som er særlig god. Ligesom for små racer vil risikoen for indavl også være til stede. På sigt medfører linieavl i mindre bestande indavl, da parring af beslægtede individer hurtigt vil forekomme. Indavlen inden for linien kan også være bevidst.
Når linieavlen tilsyneladende har haft succes med indavl, skyldes det, at man konsekvent har parret heste med de samme gode anlæg. Den konsekvente satsning på de samme gode egenskaber kan i nogle tilfælde overskygge den let negative effekt af indavlen.
Indavlens betydning
Ved indavl mindskes den genetiske variation. Der vil således være færre afkom, der er markant bedre eller markant dårligere end forældrene. Det færre antal markant bedre afkom giver dårligere muligheder for selektion og dermed mindskes den genetiske fremgang. På grund af den mindre variation vil en indavlet population være mere homogen.
Hvis der forekommer skadelige recessive arveanlæg i populationen, vil frekvensen af dyr med lidelsen øges ved øget indavl. Et eksempel på en sådan defekt er ataksi hos fjordheste. Ved længere tids indavl begynder der at opstå problemer. Det kan være i form af nedsat frugtbarhed og livskraft, hestene bliver tit lidt mindre og har dårligere konstitution. Man taler om en indavlsdepression.
For eksempel havde man hos den frisiske hest i Holland i 1970 kun 5 hingste og 400 hopper tilbage af racen. Hos hingstene var der problemer med dårlig sædkvalitet og hos hopperne var der problemer med tilbageholdt efterbyrd efter folingen og efterfølgende ifoling. Dette er tegn på en indavlsdepression. Gennem stram styring af avlen, er indavlen hos friserne blevet begrænset og racen er tilsyneladende sluppet af med indavlsdepressionen. Det er ikke muligt at forudsige hvornår en eventuel indavlsdepression vil indtræde.
Effektiv populationsstørrelse
For at kunne vurdere de forventede ændringer i indavlsgraden ud fra den nuværende population indføres nu begrebet effektiv populationsstørrelse. Jo større den effektive populationsstørrelse er jo mindre øges ind-avlsgraden pr. generation.
Ændringen i indavlsgraden = ½ x den effektive populationsstørrelse